Debido al mal control de las compuertas de los ríos Angostura y rió Rocha, se dio el excesivo crecimiento de las Macrófitas (Repollito de agua) planta acuática, es un problema común en cuerpos de aguas superficiales en los países latinoamericanos. En la Laguna Alalay, y anteriormente también en la laguna Coña Coña, se ha visto la necesidad de implementar planes de control de la vegetación acuática para la moderación del crecimiento excesivo de la misma.