El SAPM se divide en dos subsistemas: subsistema administrador del SAPM que genera la estructura organizacional del municipio (clasificación, valoración y generación de puestos) y la escala salarial al principio de cada gestión y el subsistema SAPM propiamente dicho que trabaja en base a la estructura generada por el subsistema administrador del SAPM para realizar los módulos de: registro de personal, evaluación de desempeño, movilidad de personal, reclutamientos y selección de personal y generación de planillas, emitiendo reportes de cada uno de los subsistemas mencionados.